En enero de 1881, y con tan sólo 22 años, Loret viajaba con Maspero a Egipto en un momento de histeria colectiva por el hallazgo del «Escondrijo de Deir el-Bahari», no pudiendo resultar este más provechoso ya que Loret quedaría fascinado por el país y tradiciones, y junto a Hippolyte Dulac, Urbain Bouriant y Jules Bourgoin, otros compañeros de estudio, formarían lo que prácticamente sería el núcleo fundacional de la «Mission Archéologique Française» en Egipto, hoy el «Institut d’Archéologie Orientale».
Una de sus primeras misiones la llevó a cabo en 1883 al lado de Eugène Lefébvre al serle encomendada la tarea de copiar y estudiar las inscripciones de diversas tumbas reales del Valle de los Reyes. En 1886, a la vez que Bouriant era nombrado director de la Misión Arqueológica Francesa en El Cairo, para Loret se creaba una escuela de egiptología en la Universidad de Lyon dónde habría de permanecer como profesor titular hasta 1927. Únicamente la abandonaría cuando en 1897 fue nombrado director del Servicio de Antigüedades egipcio para suceder a Jacques de Morgan.
Este cargo, que ocuparía durante dos años (1897-1899), fue de especial trascendencia para la Egiptología, pues considerando que el Valle de los Reyes que tan bien conociera aun tenía un importante número de tumbas por descubrir tras los hallazgos de Belzoni, inició un ambicioso programa de excavaciones que darían como resultado la localización de, además de 15 importantes tumbas, las magníficas de Thutmose (III) y de Amenhotep (II) dónde, además de hallar la momia de su propietario aún en el interior de su sarcófago, en otras salas adyacentes encontraría las de otros 14 personajes principales. Entre ellas las de los reyes Thutmose (IV), Amenhotep (III), Baenra-Merenptah, Sethy (II), Ajenra-Siptah, Sethnajt, Ramsés (IV), Ramsés (V) y Ramsés (VI).
Loret también tendría la oportunidad de trabajar en Saqqara y aún la de crear la importante publicación «Annales du Service des Antiquites de l’Égypte», que aún hoy sigue editándose y considerándose como de especial relevancia para esta materia. Desgraciadamente, siendo Loret un hombre más interesado por el ejercicio de su trabajo que por el de la administración o de las siempre necesarias relaciones públicas, le crearían fuertes enemistades entre los egiptólogos de entonces, y muy especialmente entre los británicos (como por ejemplo la de Flinders-Petrie o Henry Sayce) que provocaron su salida de Egipto y regreso a Francia tras otro percance con el británico William Garstin, por entonces secretario de obras públicas del gobierno egipcio, quien quería que las momias halladas en la tumba de Amenhotep permanecieran en su interior cuando por temor a un robo Loret quería enviarlas a El Cairo.
De nuevo en la Universidad de Lyon, se dedicó en cuerpo y espíritu a formar a su alumnado como quizás hasta entonces nunca se había realizado en universidad europea alguna. Allí toda materia egiptológica, aunque muy especialmente la filológica, fue desarrollada con auténtico espíritu académico. Y como no pudo ser de otra manera, la dedicación y esfuerzo que imprimió a sus alumnos por participar de su amor por Egipto, además de por su especial intuición por descubrir el «don investigador» de éstos, obtuvo sorprendentes resultados. Reconocidos egiptólogos franceses como Charles Kuentz, Eugène Devaud, Pierre Montet, Henri Gauthier o Alexandre Varille por citar algunos, se formaron bajo el atento dictado de Víctor Loret quien se convertiría en su principal valedor durante sus respectivas carreras y auténtico amigo. Gracias a ello recibiría el premio Maspero de «L’Académie des Inscriptionset Belles-Lettres » de París.
La labor científica de Loret para con toda la ciencia egiptológica fue importante, aunque muy especialmente en materias como Gramática, Historia, Religión, Zoologia o Botánica. Baste citar los alrededor de 140 libros y memorias publicadas por Loret para dárse cuenta del alcance de su trabajo. Entre ellas cabe señalar, «Flore Pharaonique» (1887), «Manuel de la Langue Égyptienne» (1906) e incluso su «Dictionnaire Hiéroglyphique» que aunque nunca viera la luz contenía un enorme Tesauro de textos ptolemaicos.
El resto de sus días los dedicó a reunir una muy importante colección bibliográfica que hoy se halla repartida entre la propia Universidad de Lyon y el «Collège de France» de París, y otro aún más importante archivo documental que en su momento legó a sus alumnos Montet y muy especialmente a su querido amigo Varille, desde el año 2002 en la Universidad de Milán tras no pocas vicisitudes con los libreros y anticuarios de Boston a quiénes habían sido vendidos por los descendientes de Varille en 1951.
El 3 de febrero de 1946, Victor Loret fallecía en la ciudad francesa de Lyon.
