Su belleza fue legendaria, pero tras su imagen sublime, parece que su papel político y religioso en el desarrollo de la experiencia amarniana fue fundamental.
Su reinado se distingue por la frecuencia con que se realizaron representaciones monumentales que evocaban a la pareja real en la intimidad, y en especial la proximidad de sus hijas (jamás antes de esa época el arte oficial había representado escenas familiares).
No se ha demostrado que sucediera a Ajenatón (Akenatón) tras su muerte; algunos egiptólogos creyeron que ella fue la que reinó con el nombre de Semenejkara; sería más verosímil hablar de reinado en colaboración parcial entre Ajenatón y su gran esposa real. Tampoco se ha podido demostrar que sobreviviera a su real esposo y por lo tanto, que ella fuese Semenejkara.
Los egiptólogos discuten a menudo sobre el papel de Nefertiti en el llamado "Cisma de Amarna", el reinado de Ajenatón que revolucionó por completo la sociedad y la cultura egipcia de una manera sin igual. Algunos piensan que se vio arrastrada por el poco saber hacer de su marido, mientras que otros piensan que en realidad ella fue el motor de la mal llamada rebelión.
Sea como fuere, Nefertiti siempre acompañó a Ajenatón. Primero, en su traslado de Tebas a Ajetatón, la capital fundada como el reino de Atón sobre la tierra, y después al asumir las funciones de corregente de su marido, cosa única en toda la historia egipcia. Pues, como se acaba de decir, en un determinado momento, Ajenatón decidió elevar del cargo de gran esposa real a Nefertiti, convirtiéndola en reina-faraón a su lado, con el nombre de Neferneferuatón.
Así, en numerosas representaciones aparece Nefertiti representada en igualdad de condiciones respecto a su marido e incluso hay algunas estelas en las que una figura, sin duda la de esta hermosa reina, aparece tocada con la doble corona y dos cartuchos reales en vez de uno. La XVIII Dinastía había traído una nueva Hatshepsut.
Nunca se ha hallado la momia de Nefertiti, lo que hizo que su búsqueda fuera objeto de curiosidad y de todo tipo de especulaciones.
El 9 de junio de 2003, Joann Fletcher, especialista en el análisis capilar de la University of York en el Reino Unido, anunció que se había encontrado la momia de Nefertiti en la tumba KV35 del Valle de los Reyes, en Egipto. Esta momia llevaba ya cien años descubierta, pero estaba sin identificar.
La momia hallada estaba en un estado que hace suponer que fue saqueada poco después de la muerte. La técnica utilizada para la momificación sugiere la época de la XVIII Dinastía, y la posición del cuerpo indicaría la realeza del personaje.
El 12 de junio del mismo año, o sea, tres días después, Zahi Hawass, director del ESCA Egypt’s Supreme Council for Antiquities (Consejo Superior de las antigüedades de Egipto), adelantó la falta de pruebas que sostuvieran esta hipótesis y desmintió públicamente que esa momia fuera la de Nefertiti.
El año 2004 se emitió un programa donde Joann Fletcher sostenía que la momia hallada era realmente Nefertiti. El equipo de Fletcher trasladó todo tipo de aparatos para confirmar su teoría a la tumba KV35. A pesar de que Joann Fletcher deseaba demostrar al mundo que la momia descubierta era en realidad la hermosa reina egipcia, lo que consiguió fue abrir un portal a una serie de controversias y teorías que no se sostenían con pruebas. Esta momia estaba con dos momias más, la que se cree era la madre de Akenatón, la princesa Tyi, y el que pudiera ser un hermano menor del faraón. Para mostrar que la momia correspondía a Nefertiti se hizo un estudio por ordenador del cráneo ideando como sería el rostro de dicha momia, de un parecido extraordinario con el busto de Nefertiti custodiado en el museo de Berlín.
Zahi Hawass nunca ha compartido la teoría de Joann Fletcher y, de hecho, le ha prohibido la entrada a Egipto para cualquier trabajo arqueológico.
