Después de una misión del gobierno a Abisinia de 1809 a 1811, se le fue ofrecido un puesto de cónsul general británico en Egipto. Llegó en 1816 y estuvo en su puesto hasta su muerte en 1827 por la disentería que ocurrió tres años después de la muerte de su mujer por culpa del cólera. Salt fue enterado en el jardín de su residencia en Alejandría, el cuál se convirtió en el cementerio europeo.
Durante su trabajo como Cónsul general, apoyó con fondos muchas excavaciones en Egipto y en Nubia y adquirió muchas antigüedades de valor para el Museo Británico y para su propia colección. Con el servicio de Giovanni d’Athanasi y Giovanni Belzoni, obtuvo varios monumentos importantes de Thebes. Con la recomendación urgente del orientalista suizo Burckhart, Salt empleó a Belzoni para coger un enorme busto de granito de Rámses II conocido como el Joven Memnon, del Ramesseum en 1816. Salt lo presentó al Museo Británico el año siguiente.
Durante las dos décadas siguientes, el Museo Británico compró muchos objetos de la colección de salt, incluso algunos de los trabajos más grandes de la escultura egipcia que hay en sus galerías. Otros museos también beneficiaron de estas actividades, incluso la compra de Sir John Soane del sarcófago de alabastro de Sety I que descubrió Belzoni. El Louvre adquirió la segunda colección de Salt en 1826 que incluía el sarcófago de Rámses III.
Salt operaba en una época en la cual el interés por las antigüedades de Egipto era muy alto. El deseo de adquirir objetos para colecciones públicas o privadas era ayudado por la actitud relajada del gobierno de Muhammad Ali hacia las antigüedades. Hubo rivalidad entre los representantes de distintos países europeos. Se tuvo que separar el país en zonas privadas de explotación no oficiales, especialmente entre los agentes de Salt y los del Cónsul general de Francia, Drovetti.
Detrás de esta furia de la compra a por mayor, seguían los esfuerzos de Champollion, Lepsius, Wilkinson, Hay y otros en expediciones académicas para documentar los monumentos que quedaban en Egipto. Para ser justo, Salt también usó de su talento de dibujante para documentar monumentos. Pero sus esfuerzos en el dominio académico no fueron tomados en serio por sus contemporáneos. Pocos de sus dibujos han sobrevivido o han sido publicados.
