Se educó en el North Central College (en aquel entonces, North-Western College) (1888), en el seminario teológico de Chicago, la universidad de Yale (1891) y la universidad de Berlín (1894). Fue el primer ciudadano americano que obtuvo la graduación en Egiptología. Breasted estaba al frente de una generación de los arqueólogo-historiadores que ampliaron la idea de la civilización occidental al incluir todo el Cercano Oriente en las raíces culturales de Europa. Breasted acuñó el término "Creciente fértil" para describir el área desde Egipto a Mesopotamia.
Fue instructor en la universidad de Chicago en 1894 y profesor de Egiptología e Historia Oriental en 1905 (la primera cátedra en los Estados Unidos). En 1901, lo designaron director del Museo Oriental de Haskell, precursor del Instituto Oriental, que se había creado en la universidad de Chicago en 1896. Aunque el Museo Oriental de Haskell contenía obras de arte de Cercano Oriente y del Extremo Oriente, su principal interés estaba en Egipto; comenzó a trabajar en una compilación de todas las inscripciones jeroglíficas existentes, que fue publicada en 1906 como "Antiguos documentos de Egipto", y sigue siendo una importante colección de textos traducidos; como Peter A. Piccione escribió en el prefacio a su reimpresión 2001, “todavía contiene ciertos textos e inscripciones que no se han re-traducido desde ese tiempo.”
En 1919, obtuvo la financiación de John D. Rockefeller para el Instituto Oriental de Chicago, bajo cuyos auspicios Breasted dirigió la primera expedición arqueológica a Egipto de la universidad. En 1923 lo eligieron miembro de la National Academy of Sciences. Murió en 1935, de pulmonía, mientras volvía de un viaje a Egipto. Fue enterrado en el cementerio de Greenwood, Rockford, Illinois. Su tumba está presidida por un gran obelisco de mármol, que fue un regalo del gobierno egipcio.
