Años más tarde decidió trasladarse a Madrid donde se licenció en Derecho en 1873 y ese mismo año ingresó como agregado diplomático en el ministerio de estado. Ya en 1876 comenzó su periplo como vicecónsul por Macao, Hong Kong y Shangai. Allí se interesó por las culturas de Extremo Oriente e incluso llegó a publicar diferentes artículos sobre ellas. En 1882 volvió a España trayendo una importante colección numismática que vendió al Museo Arqueológico de Madrid. La venta en España de piezas traídas de diferentes países sería una tónica en la vida de Eduard Toda.
En 1884 viajó a Egipto para ocupar su nuevo cargo como Cónsul General de España en El Cairo. Llegó hasta Alejandría a bordo del barco de vapor Tanjore de la flota Peninsular Oriental Inglesa y de allí partió hacia El Cairo donde entró por la noche en una berlina tirada por dos caballos que le había recogido en la estación de ferrocarril.
Se instaló en la llamada "Colonia de los Francos" que era como los egipcios llamaban a los europeos que vivían en Egipto, la misma denominación que ya utilizaron los árabes para los cruzados provenientes de Europa. Su trabajo le permitió conocer a personalidades notables, y fue así como trabó amistad con grandes egiptólogos como Gaston Maspero, que por aquellos tiempos ya ejercía de Director del Servicio de Antigüedades. Para los europeos afincados en El Cairo no existían muchas diferencias respecto a sus vidas en Europa. Reuniones en sociedad, teatros, bailes, comidas, paseos, etc. formaban parte de su actividad diaria. Pero Toda, movido por su curiosidad personal por la historia, no dudó en unirse en más de una ocasión a sus amigos egiptólogos y explorar los principales puntos arqueológicos de Egipto. En su estancia en Alejandría visitó las construcciones romanas, llamando especialmente su atención la Columna de Pompeyo, las catacumbas y el Serapeum.
Una vez instalado en El Cairo exploró la zona del Delta, visitando la antigua ciudad de This, los alrededores de Sais y Tanis. Como residente en El Cairo no quedó impune al encanto de Gizah. Visitó las pirámides, las mastabas que las rodean y quedó impresionado por la antigüedad de la esfinge. De ésta dejó escrito que había visto una estela en el Museo de Bulaq en la cual se decía que fue restaurada en la misma época en que se construía la pirámide de Keops. Se quedó en la antigua casa de Mariette durante sus visitas a la región de Menfis y Sakkara. Allí visitó la pirámide escalonada y las de Unas, Teti y Pepi. Hizo calcos de los relieves de las mastabas de Ti y Ptah-Hotep, quedó admirado por los enormes sarcófagos para toros del Serapeum y pudo contemplar las pirámides de Dashur.
Gracias a su buena amistad con Maspero se unió en enero de 1886 al viaje de inspección que cada año realizaba el Servicio de Antigüedades por todo Egipto para comprobar el estado de los monumentos y el avance de las obras de excavación y conservación. Toda cuenta lo mucho que disfrutó de las reuniones y la compañía de grandes egiptólogos durante ese viaje a bordo del Bulaq. Durante el trayecto visitó Meidum, las tumbas de los nomarcas de Beni-Hassan, Tell el-Amarna, Asiut, Ajmin, Abidos y Dendera entre otros lugares. Por fin llegaron a Luxor, la antigua Tebas. Esta fue la etapa más importante de su viaje, experiencias que quedarían para siempre grabadas en su memoria. En sus diarios de viaje relata la historia de Tebas, hace minuciosas descripciones de los monumentos, y se recrea en delicados relieves. El 1 de febrero, tras haber vistado las ruinas del templo de Karnak, un vecino de la población de Gurnah llamado Salam Abu Duhi se presentó ante el grupo del Servicio de Antigüedades con la noticia de que pocas horas antes se había descubierto una tumba. El equipo de inspección de Maspero tenía mucho trabajo, así que Maspero encargó a Toda la labor de abrir la tumba y vaciar su contenido.
La tumba se encontraba en la orilla occidental, en la ciudad de Deir el-Medina, el lugar donde vivieron los obreros que trabajaban en la construcción de las tumbas del Valle de los Reyes. Toda se encontró ante una tumba con un pozo de entrada de cuatro metros de profundidad, sin la superestructura en forma de pirámide característica encima del pozo. En el fondo del pozo, una estrecha galería de dos metros medio tapada por la arena le condujo hasta una estancia cuadrangular de la que salía otro pasillo de cuatro metros, y finalmente la cámara funeraria. Cuál fue su sorpresa cuando vio que la puerta de la cámara estaba intacta. En su interior había veinte momias de las que sólo se pudieron salvar las nueve que estaban en sarcófagos, y todo el ajuar funerario perteneciente al propietario y su familia, un artesano llamado Sen-Nedjem que vivió bajo el reinado de Ramsés II, en la dinastía XIX. Las espléndidas pinturas de la tumba parecían recien pintadas y miles de años después, siguen fascinando por su belleza a todo aquel que las contempla. Toda pasó tres días vaciando la tumba, redactando el inventario y haciendo fotos y dibujos del lugar. En 1887 publicó los resultados de su descubrimiento y tradujo los textos de la tumba en la obra titulada Son Notém en Tebas. La mayor parte de los objetos hallados en la tumba (TT1) se pueden visitar en la sala 17 del Museo de El Cairo.
Concluida la estancia en Luxor, el Bulaq continuó río arriba su viaje pasando por Armant, Esnah, Kom Ombo y Asuán. El relato de su viaje finaliza con la visita al templo de Filé. Poco tiempo después, Toda regresa a España, ya extinguido el mandato de su cargo. A su vuelta se desprende de toda su colección egipcia vendiéndola al Museo Arqueológico Nacional y al Museo Balaguer de Vilanova i la Geltrú. Nuevamente es destinado al extranjero: Càller, Helsinki, Le Havre, París y Londres son los lugares donde ejerció antes de volver definitivamente a España en 1918.
Es indudable que Toda quedó marcado por su estancia en Egipto y su vocación egiptológica. Publicó varios títulos: Sesostris, La muerte en el Antiguo Egipto, A través del Egipto, y aún quedó inédito y sin publicar un manuscrito titulado El Antiguo Egipto. Debido al escaso apoyo que recibió en los ámbitos culturales de nuestro país, tuvo que ejercer su vocación egiptológica particularmente. No obstante, allá donde le fue posible siguió conectado a los círculos egiptológicos hasta su muerte en 1946.
Gracias a Eduard Toda, la representación española en Egipto fue importante y desde entonces Egipto está un poco más cerca de España.
