Por otra parte, siempre se ha insistido en que su tez era oscura, casi parda, y sus rasgos algo orientales, lo que, junto con la orientación de sus estudios, le valió toda su vida el sobrenombre de el egipcio.
Quiso ser conocido como Champollion el joven para distinguirse de su ilustre hermano mayor Jacob Joseph, bibliotecario eminente y estudioso de la arqueología pagana y egipcia, quien, por su parte, consciente del talento de Jean François, se hacía llamar Champollion-Figéac, o, simplemente, Figéac.
La formación en lenguas de nuestro egiptólogo la debió en parte a la dirección que recibió de su hermano: árabe, etíope, copto, hebreo, sirio, caldeo y algo de numismática. Tras sus primeros estudios en Figéac, con poco aprovechamiento, se inscribió en el Liceo de Grenoble. Con 16 años, interesado por la piedra Rosetta, escribió un artículo en el que sostenía, y con razón, que la lengua copta usada por los egipcios cristianos descendía directamente de la antigua.
Aconsejado por su hermano se fue a París, donde, de 1807 a 1809, en la Escuela Especial y en el Collège de France, se dedicó intensamente a los estudios orientales: lenguas como el árabe, sirio, hebreo, chino, copto, etiópico, sánscrito, persa. Estableció 15 correspondencias entre los signos del demótico y las letras del copto. Parece que fue en esta época cuando contrajo estrabismo en el ojo izquierdo, a causa, según se cree, de las muchas horas de estudio bajo la luz de una lámpara mal colocada.
Entre 1809 y 1821 fue profesor de historia en la facultad de Grenoble, y elegido miembro de la Academia. Se trasladó a París para estudiar manuscritos coptos en la biblioteca Imperial, y llegó a confeccionar una Gramática Copta y un Diccionario de la misma lengua. Entendía que el dominio de esta lengua era la base para descifrar la escritura jeroglífica.
En 1814 publica Egipto bajo los faraones, obra que es una descripción geográfica del país del Nilo y que puso los cimientos de su reputación. Tengamos en cuenta que, para redactarla, no contó con más base que algunas citas bíblicas, textos latinos, árabes y hebreos bastante mutilados y comparaciones con el copto, lengua que todavía hablaban los egipcios cristianos del siglo XVIII.
Sus esfuerzos por descifrar la escritura jeroglífica arrancan de 1808. Se preparó concienzudamente en lenguas orientales, resistiéndose a emprender de forma seria el estudio de la piedra de Rosetta hasta conseguir la formación adecuada. Cuando inició su tarea se llevó una sacudida emocional terrible, porque se enteró de que Alexandre Lenoir había editado un opúsculo, Nouvelle explication, que pretendía ser la clave de la escritura jeroglífica. Compró un ejemplar y prorrumpió en carcajadas al comprobar la sarta de sandeces que contenía. Pero de esta manera tomó conciencia de su virulenta pasión por Egipto y su escritura.
Durante siglos, los investigadores habían estado muy desorientados, especialmente a causa de una obra del siglo IV d. C., Hieroglyphica, de Horapolo. Era una descripción detallada del significado de las esculturas sagradas egipcias, pero se creyó que se podía aplicar a la escritura. Este error persistía en tiempos de Champollion, quien tuvo una ocurrencia distinta. Al principio la desechó, pero era el germen del desciframiento: vio una cierta correspondencia entre las imágenes jeroglíficas y la representación gráfica de los sonidos, algo parecido pero no igual a lo que llamamos letras. En su estudio de la piedra Rosetta identificó grupos de signos reunidos dentro de unos anillos que llamamos cartuchos. Supuso que este relieve tipográfico era digno del nombre de los reyes y comprobó que coincidían, aproximadamente, a la altura en que estos eran mencionados en el texto en griego. Los dos nombres de reyes que le dieron la clave fueron los de Ptolomeo y Cleopatra.
No vamos a dar cuenta de todo el proceso que siguió, pero sí conviene resaltar la magnitud de su empresa al enfrentarse con una escritura que contaba con tres tipos de signos: fonéticos, de palabras y de ideas; que había evolucionado a lo largo de 3.000 años; y que hay que leer de derecha a izquierda, de izquierda a derecha o de arriba abajo según la época a que pertenezca.
En 1815 y a causa de una acusación de bonapartismo, es destituido de su cátedra; se retira con su hermano a Figéac. El 27 de septiembre de 1822 lee ante la Academia su Lettre a M. Dacier, en la que establece la clave para descifrar el alfabeto jeroglífico. Precisó más su método en el Sumario del sistema jeroglífico, de 1824. Ese mismo año el rey lo envía a Turín para estudiar allí monumentos egipcios, lo que le aportó numerosos datos sobre la historia y la cronología egipcias. También allí conoció al que sería su más entusiasta discípulo, Ippolito Rosellini.
Fue nombrado conservador de la colección egipcia en el Louvre, y logró obtener los fondos para una expedición a Egipto. Contó para ella con un buque de guerra, un arquitecto y 7 dibujantes. Esta expedición colaboraba con otra italiana en la que participó Rosellini. Parece que en la expedición todos llevaban el pelo rapado, grandes turbantes y túnicas con brocados dorados, pero Champollion era el único que se sentía a gusto de esta guisa. Pudo confirmar definitivamente sus teorías ante el templo de Dendera, el primero realmente bien conservado que podía estudiar (llegó hasta él tras toda una noche de carrera, seguido por los quince científicos de su expedición). Desde 1828 hasta 1830 recorrió el país hasta la segunda catarata con la expedición franco- italiana, catalogando, dibujando y descifrando cuanto encontraron a su paso.
En 1830 es nombrado miembro de la Academia de las Inscripciones de París, ante la que lee una Memoria sobre signos egipcios para la anotación de las principales divisiones del tiempo. Al año siguiente obtiene la cátedra de Historia y Arqueología Egipcia, creada específicamente para él en el Collège de France. La abandona pronto por problemas de salud, y se retira a Quercy, donde muere el 4 de marzo de 1832, mientras preparaba la publicación de los resultados de su expedición a Egipto.
Después de su muerte, se elevaron varias voces contra su sistema, pero Lepsius, quizá la otra figura más importante de la egiptología, lo reivindicó enérgicamente. Su hallazgo del decreto de Canopo, obra bilingüe, confirmaba definitivamente el método de Champollion.
