Sin temor a equivocarse, es indudable que la mujer de la vida del faraón fue su primera «Gran Esposa Real», la bella Nefertari "por la que brilla el Sol". Se desconoce su linaje, aunque se piensa que quizás estaba emparentada con la anterior dinastía por el faraón Ay: Ramsés se ocupó mucho de ocultar su parentesco. Nefertari no fue sólo una esposa y la madre de los hijos del faraón, sino que tomó un papel muy activo en las conversaciones con los hititas, y sus cartas con la emperatriz Putuhepa sentaron las bases del proceso de paz.
Era tal el amor que profesaba el rey a Nefertari que le llegó a dedicar el segundo templo de Abu Simbel, bajo la imagen de la diosa Hathor, en cual la imagen de la reina tiene el mismo tamaño que la del rey, algo inusual en Egipto. Desgraciadamente, es muy posible que Nefertari no llegase a ver el templo acabado, pues murió en el año 26º del reinado, antes de su inauguración. Su tumba, la QV66 tiene las pinturas mejor conservadas del Valle de las Reinas.
La desaparición de Nefertari encumbró aún más la posición de la segunda «Gran Esposa Real» de Ramsés, con la que también estaba casado desde la adolescencia, Isis-Nefert o Iset la Bella. Al contrario que su rival, esta mujer permaneció siempre en la sombra, pero se piensa que era muy inteligente, pues logró situar a todos sus hijos en los puestos más importantes del Estado. Se ha llegado incluso a pensar que hubo rivalidad entre la familia de Nefertari y la de Isis-Nefert, y que la muerte de la primera y de su primogénito se debieron a las intrigas de la segunda. Ante la ausencia de datos, sólo caben las conjeturas.
No se conoce la fecha de muerte de Isis-Nefert, pero se sabe que compartió el cargo de «Gran Esposa Real» con otras mujeres. Ramsés tuvo, aparte de sus dos primeras esposas, otras cinco reinas. Al parecer éstas fueron su hermana (o hija) Henutmira, la princesa hitita Maathornefrura (que fue la prenda de la paz con Hattusil III), la dama Nebettauy (tal vez hija de Isis-Nefert), así como dos hijas más. El incesto real era frecuente en la historia egipcia, y Ramsés II no tuvo el menor reparo en convertir en dos de las más importantes Grandes Esposas Reales a sus hijas, una de Nefertari (Meritamón) y otra de Isis-Nefert (Bint-Anat), que acabarían sustituyendo a sus madres tanto en su puesto político y ritual como en el corazón de su marido cuando éstas desaparecieron.